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碩士
甲組教師：蔡春進教授、高正忠教授
乙組教師：黃志彬教授、董瑞安教授、張淑閔教授
入學方式
(一) 推甄入學
甲組(主修工數流力)招生名額：約4-5名
學系限制：大學理、工、生科、公衛等相關學系畢業獲得學士學位。
成績條件：以工數、流力或環境規劃與資訊等相關科目成績優異者優先考慮。
乙組(主修環化環微)
招生名額：約8-10名
學系限制：大學理、工、生科、公衛等相關學系畢業獲得學士學位。
成績條件：曾修習環境工程、環境化學、基礎化學成績優異者優先考慮。
(二) 考試入學
甲組招生名額：約4-5名
考試科目：
(1) 工程數學
(2) 流體力學
(3) 共同科目：英文
乙組
招生名額：約6-8名
考試科目：
(1) 環境工程概論
(2) 選考：
(a)流體力學
(b)環境化學與環境微生物學
(c)普通化學(含有機化學、物理化學)
(3)共同科目：英文